μ-вариант в 10,6 раз более устойчив к вакцинным сывороткам

Нейтрализация варианта SARS-CoV-2 μ выздоравливающей и вакциной сывороткой

Во время текущей пандемии коронавирус 2 тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-2), возбудитель коронавирусной болезни 2019 года (Covid-19), значительно расширился. По состоянию на сентябрь 2021 года Всемирная организация здравоохранения определила четыре варианта, вызывающих озабоченность (альфа [B.1.1.7], бета [B.1.351], гамма [P.1] и дельта [B.1.617.2 и AY]]. ), а также пять представляющих интерес вариантов (эта Η [B.1.525], йота Ι  [B.1.526], каппа ϰ [B.1.617.1], лямбда λ [C.37] и мю μ [B.1.621]).

 

μ представляет собой наиболее недавно признанный вариант интереса. 1 По состоянию на 30 августа 2021 г. вариант mu был обнаружен в 39 странах (таблица S1 в дополнительном приложении , доступная с полным текстом этого письма на NEJM.org). Эпицентром передачи мю является Колумбия, где этот вариант был впервые выделен 11 января 2021 г. ( Рисунок 1A и Таблица S2). С марта по июль 2021 года в Колумбии произошел огромный всплеск случаев заболевания Covid-19. Хотя гамма-вариант доминировал на начальной стадии всплеска, в мае вариант mu превосходил все другие варианты, и он стал причиной эпидемии в Колумбии. с того времени ( рис. 1А ).

Рисунок 1. SARS-CoV-2 в Колумбии и характеристика варианта μ.

На панели A показаны новые случаи заболевания коронавирусом 2019 года (Covid-19) с января по август 2021 года в Колумбии. Вариант mu был впервые выделен 11 января 2021 г. в Колумбии (регистрационный номер Глобальной системы эпиднадзора за гриппом и ответных мер, EPI_ISL_1220045). Черная линия отражает количество новых еженедельных случаев, а цветные полосы указывают процентную долю каждого варианта тяжелого острого респираторного синдрома, коронавируса 2 (SARS-CoV-2) среди случаев. Исходные данные сведены в Таблицу S2 Дополнительного Приложения.. Панели B и C показывают результаты анализов нейтрализации вирусов. Анализы нейтрализации были выполнены с использованием псевдовирусов, несущих белки-шипы SARS-CoV-2 альфа, бета, гамма, дельта, эпсилон, лямбда или мю вариантов или вируса линии B.1, который несет мутацию D614G (родительский вирус). Образцы сыворотки были получены от 13 человек, выздоровевших от Covid-19 (панель B), и от 14 человек, получивших вакцину BNT162b2 (панель C). Анализ каждого образца сыворотки проводили в трех экземплярах для определения титра нейтрализации 50%. Каждая точка данных представляет собой отдельный образец (кружки) и указывает титр 50% нейтрализации, полученный с каждым образцом против указанного псевдовируса. Высота полосок и числа над полосами указывают на средние геометрические титры, полоски 𝙸 указывают 95% доверительный интервал. Цифры в скобках указывают на среднюю разницу в устойчивости к нейтрализации указанных вариантов по сравнению с исходным вирусом. Горизонтальные пунктирные линии указывают предел обнаружения. Необработанные данные и информация о выздоравливающих донорах (пол, возраст, тяжесть заболевания и даты тестирования и отбора проб) и вакцинированных донорах (пол, возраст и даты второй вакцинации и отбора проб) образцов сыворотки обобщены в таблицах.

Таблица S1. Количество последовательностей вариантов μ , выделенных в каждой стране.

Country B.1.621 (Mu) B.1.621.1
USA 1,492 505
Colombia 844 8
Spain 344 122
Mexico 338 6
Ecuador 168 0
Aruba 74 5
Chile 70 2
Netherlands 68 2
Italy 63 14
United Kingdom 48 35
Costa Rica 46 0
Canada 43 4
Switzerland 23 25
Belgium 22 12
Portugal 21 3
Curacao 14 5
France 14 1
Brazil 11 0
Denmark 7 0
Germany 7 7
Peru 6 0
Poland 6 0
Bonaire 5 1
Venezuela 5 0
Finland 3 0
Sweden 3 0
Dominican Republic 2 41
Hong Kong 2 0
Ireland 2 2
Japan 2 0
Slovakia 2 1
Turkey 2 0
Austria 1 48
Romania 1 0
Sint Maarten 1 1
Liechtenstein 1 0

Таблица S2. Еженедельно новые случаи и количество различных ЛОС / VOI в Колумбии.

Week Date from Weekly Number Percentage
number (MM/DD) new cases Gamma Delta Lambda Mu Others
Gamma Delta Lambda  μ Others
1 01.апр 111,08 4 0 0 0 41 44447 0 0 0 91.1
2 01.ноя 121,513 1 0 0 1 44 44229 0 0 44229 95.7
3 янв.18 107,072 8 0 0 0 29 44368 0 0 0 78.4
4 янв.25 79,399 2 0 0 0 16 44207 0 0 0 88.9
5 02.янв 62,332 5 0 0 0 6 45.5 0 0 0 54.5
6 02.авг 37,823 2 0 0 0 8 20.0 0 0 0 80.0
7 фев.15 31,223 5 0 0 1 6 41.7 0 0 44263 50.0
8 фев.22 25,428 0 0 0 5 16 0 0 0 44431 76.2
9 03.янв 24,966 4 0 0 8 36 44263 0 0 44393 75.0
10 03.авг 26,488 8 0 0 13 22 44365 0 0 30.2 51.2
11 мар.15 34,086 8 0 0 7 19 44339 0 0 44367 55.9
12 мар.22 45,5 5 0 0 11 30 44449 0 0 44462 65.2
13 мар.29 63,489 16 0 1 23 31 44338 0 44287 32.4 43.7
14 04.май 89,979 111 0 8 85 152 31.2 0 44229 44462 42.7
15 04.дек 116,749 95 0 6 62 85 38.3 0 44288 25.0 34.3
16 апр.19 121,517 36 0 3 54 35 44224 0 44257 42.2 44282
17 апр.26 119,191 50 0 5 47 50 32.9 0 44258 44469 32.9

Вновь появляющиеся варианты SARS-CoV-2 необходимо тщательно контролировать на предмет потенциально повышенной скорости передачи, патогенности и устойчивости к иммунным ответам. Устойчивость вызывающих озабоченность вариантов и представляющих интерес вариантов к сыворотке, полученной от людей, выздоровевших от Covid-19, и лиц, которые были вакцинированы, можно объяснить множеством мутаций в вирусном спайковом белке. 2Большинство вариантов mu несут мутации T95I и YY144-145TSN в N-концевом домене; мутации R346K, E484K и N501Y в рецептор-связывающем домене; и мутации D614G, P681H и D950N в других областях белка-шипа (таблицы S3 и S4). Некоторые из этих мутаций обычно идентифицируются в вызывающих озабоченность вариантах (Таблица S5). Из этих мутаций E484K (общий для бета- и гамма-вариантов) продемонстрировал наибольшее снижение чувствительности к антителам, вызванное естественной инфекцией SARS-CoV-2 и вакцинацией. 3,4

Чтобы оценить чувствительность варианта mu к антителам, индуцированным инфекцией SARS-CoV-2 и вакцинацией, мы создали псевдовирусы, несущие белок-спайк варианта mu или белок-спайк других вариантов, вызывающих озабоченность, или вариантов, представляющих интерес. Анализы нейтрализации вируса, проведенные с использованием образцов сыворотки, полученных от 13 человек, выздоровевших от Covid-19 и инфицированных в начале пандемии (с апреля по сентябрь 2020 г.), показали, что вариант mu был в 10,6 раз устойчивее к нейтрализации, чем вариант Вирус линии B.1 (родительский вирус), несущий мутацию D614G ( рисунок 1B ). Анализы, проведенные с образцами сыворотки, полученными от 14 человек, получивших вакцину BNT162b2, показали, что вариант mu был на 9,1 такой же устойчивым, как и исходный вирус ( рис. 1C).). Хотя бета-вариант (вызывающий озабоченность вариант) считался наиболее устойчивым вариантом на сегодняшний день, 3,4 вариант mu был в 2,0 раза устойчивее к нейтрализации выздоравливающей сывороткой ( рис. 1B ) и в 1,5 раза устойчивее к нейтрализации сывороткой вакцины. как бета-вариант ( рис. 1C ). Таким образом, вариант mu демонстрирует выраженную устойчивость к антителам, вызванным естественной инфекцией SARS-CoV-2 и вакциной мРНК BNT162b2. Поскольку прорывные инфекции представляют собой серьезную угрозу для вновь появляющихся вариантов SARS-CoV-2, 5  мы полагаем, что необходимы дальнейшая характеристика и мониторинг этого представляющего интерес варианта.

Кейя Уриу, магистр
Изуми Кимура, магистр
Токийского университета, Токио, Япония

Котаро Сиракава, доктор медицины, доктор философии
Акифуми Такаори-Кондо, MD, Ph.D.
Киотский университет, Киото, Япония

Така-аки Накада, доктор медицинских наук,
Ацуши Канеда, доктор медицины, доктор философии
Университет Тиба, Тиба, Япония

Со Накагава, доктор философии
Токайский университет, Канагава, Япония

Кей Сато, доктор философии
Токийский университет, Токио, Япония
keisato@g.ecc.u-tokyo.ac.jp

для консорциума Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan)

 

Частично поддержано грантами Японского агентства медицинских исследований и разработок (AMED) Исследовательская программа по возникающим и повторно возникающим инфекционным заболеваниям (20fk0108146 [доктору Сато], 20fk0108413 [докторам Канеда, Накагава и Сато] и 20fk0108451 [японскому консорциуму «Генотип — фенотип» и докторам Такаори-Кондо, Канеда, Накагава и Сато]); вAMEDПрограмма исследований по ВИЧ / СПИДу (21fk0410039 [докторам Сиракава и Сато]); Японская программа научных и технологических исследований (JST) Стратегическая международная программа совместных исследований (SICORP) e-ASIA (JPMJSC20U1 [д-ру Сато]); JST SICORP (JPMJSC21U5 [доктору Сато]); JST CREST (JPMJCR20H6 [доктору Накагаве] и JPMJCR20H4 [доктору Канеде и Сато]); Гранты Японского общества содействия науке (JSPS) на научные исследования B (18H02662 и 21H02737 [доктору Сато]); Фонд содействия совместным международным исследованиям JSPS (содействие совместным международным исследованиям) (18KK0447 [доктору Сато]); Программа JSPS Core-to-Core, Расширенные исследовательские сети (JPAOCA20190008 [доктору Сато]); Научный сотрудник JSPS (DC1 19J20488 [г-ну Кимуре]); и Токийский фонд биохимических исследований (доктору Сато).

Формы раскрытия информации, предоставленные авторами, доступны вместе с полным текстом этого письма на NEJM.org.

Это письмо было опубликовано 3 ноября 2021 г. на сайте NEJM.org.

 

 

 

ссылки:

 

  1. Всемирная организация здравоохранения. Отслеживание вариантов SARS-CoV-2. 2021 г. ( https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/).
  2. Harvey WTCarabelli AMJackson B, et al. SARS-CoV-2 variants, spike mutations and immune escape. Nat Rev Microbiol 2021;19:409424.

    (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34075212/)

  3. 3.Collier DADe Marco AFerreira IATM, et al. Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies. Nature 2021;593:136141.

    (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33706364/)

  4. 4.Wang PNair MSLiu L, et al. Antibody resistance of SARS-CoV-2 variants B.1.351 and B.1.1.7. Nature 2021;593:130135.

    (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33684923/)

  5. 5.Hacisuleyman EHale CSaito Y, et al. Vaccine breakthrough infections with SARS-CoV-2 variants. N Engl J Med 2021;384:22122218.(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33882219/)

 

Ссылка на основную публикацию